Lucy, una nueva especie catalogada como Diclonius, escapa del laboratorio donde se encontraba recluida haciéndose paso gracias a un desconocido y letal poder, con el cual deja tras ella un auténtico baño de sangre. En el último tramo de su huida, frente al mar, una bala de francotirador la hace perder la consciencia y su cuerpo es llevado por la marea hasta una playa. Allí es donde Kouta y Yuka la encuentran, amnésica y con un desdoble de personalidad: ha pasado de ser la sanguinaria Lucy a una inofensiva y dócil Nyu, apodo con el que la nombran por ser la única palabra que sabe decir. Sin ningún indicio acerca de quién es o de dónde ha salido, deciden acogerla y dejarla vivir con ellos. Sin embargo, tanto Kouta como Yuka terminan dándose cuenta de que una organización desconocida está tras la pista de Nyu. Y por si fuera poco, parece que poco a poco la verdadera naturaleza de su nueva amiga vuelve a aflorar.