La preparatoria Seika era un lugar sólo para hombres, pero recientemente se ha convertido en un colegio mixto, contando con apenas 20% de mujeres, ante un 80% de hombres. Allí, Misaki Ayuzawa toma en sus manos el poder, para hacer sentir seguras a las chicas, convirtiéndose en la presidenta del consejo estudiantil.

Después de ser elegida, se gana entre los alumnos varones una muy mala fama de dictadora feminista, por lo que muchos la odian. Sin embargo, a pesar de su apariencia ruda, Misaki trabaja a medio tiempo en un Maid Caffé Latte. Desafortunadamente, Usui Takumi, el chico más popular del colegio (no solo entre las chicas, sino también entre los chicos) se interesa en ella tras verla vestida con su uniforme de maid, pero acepta guardarle el secreto. La situación provoca hechos divertidos y románticos a lo largo del manga.

Mizuho Kazami, es una hermosa mujer que va a la escuela de un pueblo a enseñar Japonés. Pero en realidad es una representante de la asociación galáctica con la misión de observar la Tierra. Accidentalmente, Kei Kusanagi, uno de sus estudiantes, descubre su verdadera identidad. Para mantener el secreto a salvo, Mizuho se casa con Kei y comienzan a vivir juntos. Podran mantener el secreto a salvo y que los compañeros de clase de Kei no descubran el matrimonio.

Lucy, una nueva especie catalogada como Diclonius, escapa del laboratorio donde se encontraba recluida haciéndose paso gracias a un desconocido y letal poder, con el cual deja tras ella un auténtico baño de sangre. En el último tramo de su huida, frente al mar, una bala de francotirador la hace perder la consciencia y su cuerpo es llevado por la marea hasta una playa. Allí es donde Kouta y Yuka la encuentran, amnésica y con un desdoble de personalidad: ha pasado de ser la sanguinaria Lucy a una inofensiva y dócil Nyu, apodo con el que la nombran por ser la única palabra que sabe decir. Sin ningún indicio acerca de quién es o de dónde ha salido, deciden acogerla y dejarla vivir con ellos. Sin embargo, tanto Kouta como Yuka terminan dándose cuenta de que una organización desconocida está tras la pista de Nyu. Y por si fuera poco, parece que poco a poco la verdadera naturaleza de su nueva amiga vuelve a aflorar.

Es la segunda temporadaVampire Knight.